从2009年6月1日起，北京将免费为零至6岁户籍儿童进行先天性疾病筛查和定期健康体检。

根据北京市卫生局、北京市财政局联合印发的实施意见，先天性疾病的免费筛查项目为先天性甲状腺功能低下、苯丙酮尿症、先天性听力异常、先天性心脏病、先天性髋关节脱位。

定期健康体检针对零至6岁户籍儿童，适龄儿童可到居住地附近的社区卫生服务机构或卫生行政部门指定的医疗保健机构进行定期健康体检。体检服务机构要按照国家有关规定为1岁以内婴儿提供至少6次免费体检；为1至2岁儿童提供每年2次免费体检；为3至6岁儿童提供每年一次免费体检。

0至6岁儿童健康体检的费用由北京市和区县财政共同承担，为此北京市每年预计投入1000多万元。

不过，这两项服务都只针对拥有北京市户口或父母一方具有北京市户籍的儿童。